كانت فكرة نقل رفاة الفقيد محمد فريد بك الي مصر تجول في خواطر الكثيرين و يرونها فرضا علي المصريين و لكن حكومة الوفد مع انها اهتمت بنقل رفات ١٢ طالبا مصريا توفوا في حادثة اصطدام القطار الذي يقلهم علي الحدود الإيطالية النمساوية في مارس ١٩٢٠ علي نفقه الوفد الا انهم لم يفكروا في نقل رفات الزعيم الشهيد الي مصر (الحزب الوطني المصري) حتي قام المرحوم الحاج خليل عفيفي التاجر بمدينة الزقازيق بهذا الواجب. ابحر خليل من الاسكندرية يوم الجمعة ٥ مارس ١٩٢٠ قاصدا برلين عن طريق فرنسا و في باريس
علم بقيام ثورة الدكتور فون كاب ببرلين فمكث في باريس حتي استقرت الأحوال و سافر الي برلين ٢٨ ابريل. في ابريل ١٩٢٠ صدر قانون في ألمانيا بمنع نقل جثث المتوفين الي بلاد اخري مما تعذر نقل جثمان محمد فريد و لكن حدث خلال إقامته في برلين ان فرنسا طلبت من ألمانيا نقل جثمان ضابط فرنسي مات بها علي سبيل الاستثناء ووافقت ألمانيا فارتكن الحاج خليل علي هذه السابقة فاذن له بذلك.
ثم حصل الحاج خليل بجهد علي ترخيص الحكومة الإيطالية بنقل الجثمان عبر إيطاليا لكي يبحر بالجثمان من تريستا.
تم نقل جثمان محمد بك فريد يوم الجمعة ٢١ مايو ١٩٢٠ في احتفال حضرة المصريين المقيمين في برلين ووضع في عربة خاصة في القطار الذي اقل الجثمان الي تريستا حيث أقلته الباخرة حلوان التي أبحرت ٣ يونية الي الاسكندرية فوصلوها صبيحة يوم ٨ يونيه ١٩٢٠
و كان في استقبال الجثمان لجنة برعاية الامير عمر طوسون و رئاسة احمد يحيي باشا للاحتفال بالجنازة. تم نقل جثمان الفقيد الي القاهرة حيث دفن في مقابر السيدة نفيسة بجوار قبة الخلفاء العباسيين.
من هذا يتبين ان جثمان الفقيد قد مكث في برلين من ١٥ نوفمبر ١٩١٩ حتي وصل مصر في ٨ يونية ١٩٢٠ بمجهود و مال الحاج خليل عفيفي. في ١٥ نوفمبر ١٩٥٣ (الذكري ال ٣٤ لوفاتة)
تم نقل رفات محمد بك فريد بمعرفة مجلس قيادة الثورة الي قبة مصطفي باشا كامل بميدان القلعة (الرميله) ليدفن بجوار زميل كفاحة و مؤسس الحزب الوطني المصري مصطفي باشا كامل رحم الله الجميع.